自2003年以来，海豚死亡量已持续达到88只，其中60%是还不到两周大的幼豚。在分析死亡幼豚时，研究人员发现 DDT等杀虫剂及氯联苯（PCBs）等环境污染物在其体内达到中毒水平。世界自然基金会指出，由于湄公河沿岸的居民和海豚食用同样的河水和河鱼，这些有毒物质也可能对他们造成健康威胁。
世界自然基金会英国淡水项目经理罗布·谢尔说：“分析确定了细菌性疾病是大量幼豚死亡的原因。这些疾病只有在海豚的免疫系统被抑制的前提下才是致命的，而这些死亡幼豚的免疫系统是被环境污染物破坏的。这些污染物广泛分布在环境之中，因此污染源可能涉及湄公河流经的数个国家。
世界自然基金会正在调查污染源。它发布的报告《柬埔寨湄公河伊洛瓦底海豚死亡调查报告》发现一些死亡的海豚中汞含量很高。这些被怀疑来自金矿开采的汞，可以直接影响免疫系统。近亲繁殖导致有限的遗传多样性，可能是幼豚死亡的另一个原因。而成年海豚还受 着水电开发和被渔民渔网意外捕获的威胁。
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